「自動配信メールの金額と実際の請求額が異なる」のは何でだろう？

http://diary.yuco.net/20060523.html#p01のブックマークであるはてなブックマーク - 楽天のシステムは大丈夫なのか？ - diary.yuco.net (2006-05-23)#p01のid:tsupoさんのコメントを見て。
Yahoo!ショッピングでも楽天市場でも、メールと請求額に食い違いが有るのは昔からのことらしい。
オレはあまりそれらのネットショップを利用していないから全然よく知らないんだけど。
なにか「ああ、そういうことなのね」と、すぐに腑に落ちる技術的な理由が有ったりするのだろうか？　なにせ金銭が関わる事だから1円でも食い違いがあるとマズいってのが常識だと思うんだけど。