Fresh ReaderってPHPで書いてionCube Encorderで暗号化しているのね

WindowsとLinuxとFreeBSDで配布ファイルが別れているのは、ionCubeのsoをOS別に配布する必要が有るからか。
ionCube PHP Encoder・Accelerator- アシアル株式会社

またエンコーダでエンコードしたファイルを動かすためのローダーは、Intel Linux (i386)、FreeBSD (i386)、NetBSD (i386)、OpenBSD、Solaris (Sparc), Windows、MacOS X に対応しております。